Hồ sơ trình duyệt quyết toán được hướng dẫn tại điều 8, Thông tư 09/2016/TT-BTC như sau:
Chủ đầu tư gửi 01 bộ hồ sơ đến cơ quan thẩm tra phê duyệt quyết toán. Hồ sơ bao gồm các tài liệu sau:
1. Đối với dự án hoàn thành, hạng mục công trình hoàn thành; dự án dừng thực hiện vĩnh viễn có khối lượng thi công xây dựng, lắp đặt thiết bị:
a) Tờ trình đề nghị phê duyệt quyết toán của chủ đầu tư (bản chính). Trường hợp thuê kiểm toán độc lập thực hiện kiểm toán, tờ trình phải nêu rõ những nội dung thống nhất, nội dung không thống nhất và lý do không thống nhất giữa chủ đầu tư và đơn vị kiểm toán độc lập;
b) Biểu mẫu báo cáo quyết toán theo quy định tại Điều 7 Thông tư này (bản chính);
c) Toàn bộ các văn bản pháp lý có liên quan theo Mẫu số 02/QTDA (bản chính hoặc bản do chủ đầu tư sao y bản chính);
d) Hồ sơ quyết toán của từng hợp đồng gồm bản chính các tài liệu: hợp đồng xây dựng; các biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành theo giai đoạn thanh toán; các văn bản phê duyệt điều chỉnh, bổ sung, phát sinh, thay đổi (nếu có); biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành toàn bộ hợp đồng; bảng tính giá trị quyết toán hợp đồng (quyết toán A-B); hồ sơ hoàn công, nhật ký thi công xây dựng công trình đối với hợp đồng có công việc thi công xây dựng (bản chính hoặc bản do chủ đầu tư sao y bản chính); biên bản thanh lý hợp đồng đối với trường hợp đã đủ điều kiện thanh lý hợp đồng theo quy định của pháp luật về hợp đồng; các tài liệu khác theo thỏa thuận trong hợp đồng;
đ) Biên bản nghiệm thu công trình hoặc hạng mục công trình độc lập hoàn thành đưa vào sử dụng, văn bản chấp thuận kết quả nghiệm thu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (bản chính);
e) Báo cáo kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành của đơn vị kiểm toán độc lập trong trường hợp thuê kiểm toán độc lập thực hiện kiểm toán (bản chính);
g) Kết luận thanh tra, biên bản kiểm tra, báo cáo kiểm toán của các cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán Nhà nước trong trường hợp các cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán Nhà nước thực hiện thanh tra, kiểm tra, kiểm toán dự án; kết quả điều tra của các cơ quan pháp luật trong trường hợp chủ đầu tư vi phạm pháp luật bị cơ quan pháp luật điều tra; báo cáo tình hình chấp hành các báo cáo trên của chủ đầu tư.