Để đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của người nộp thuế, dự thảo Nghị định quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế XK, thuế NK sửa đổi đã quy định các trường hợp được hoàn thuế, điều kiện và hồ sơ, thủ tục để được hoàn thuế.
Theo phân tích của ban soạn thảo, dự thảo Nghị định, xét về bản chất đối với một số trường hợp: DN đã nộp thuế NK đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm, hoặc đã nộp thuế NK đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm đều là hàng hóa NK sau đó XK, không sử dụng ở Việt Nam.
Hay như trường hợp, tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm, sau đó bán sản phẩm cho tổ chức, cá nhân khác để trực tiếp gia công, sản xuất hàng hóa XK; trực tiếp XK theo bộ linh kiện hoặc trực tiếp XK sản phẩm ra nước ngoài thì người NK tại chỗ đã chịu thuế NK.
Và trường hợp hàng hóa XK, NK đã nộp thuế nhưng sau đó được miễn thuế, hoàn thuế theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, về bản chất là nộp thừa tiền thuế… các trường hợp này cần quy định được hoàn thuế để bảo đảm rõ ràng, minh bạch, phù hợp với các trường hợp phát sinh trong thực tiễn.
Vì vậy, để đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của người nộp thuế, dự thảo nghị định đã quy định các trường hợp nêu trên thuộc trường hợp hoàn thuế. Cụ thể, tại Điều 35 dự thảo Nghị định đã liệt kê cụ thể các trường hợp được hoàn thuế: Người nộp thuế đã nộp thuế NK, thuế XK nhưng không có hàng hóa NK, XK hoặc NK, XK ít hơn so với hàng hóa NK, XK đã nộp thuế; Người nộp thuế đã nộp thuế XK nhưng hàng hóa XK phải tái nhập được hoàn thuế XK và không phải nộp thuế NK;
Người nộp thuế đã nộp thuế NK nhưng hàng hóa NK phải tái xuất được hoàn thuế NK và không phải nộp thuế XK; Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm; Người nộp thuế đã nộp thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất (trừ trường hợp đi thuê) để thực hiện các dự án đầu tư, thi công xây dựng, lắp đặt công trình, phục vụ sản xuất, khi tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan.
Số tiền thuế NK được hoàn lại xác định trên cơ sở trị giá sử dụng còn lại của hàng hoá khi tái XK tính theo thời gian sử dụng, lưu lại tại Việt Nam. Trường hợp hàng hoá đã hết trị giá sử dụng thì không được hoàn lại thuế NK đã nộp.
Bên cạnh đó, dự thảo cũng quy định hoàn thuế với các trường hợp: Tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá tiêu thụ trong nước sau đó tìm được thị trường XK và đưa số nguyên liệu, vật tư này vào sản xuất hàng hoá XK, đã thực XK sản phẩm (thời hạn tối đa cho phép là 2 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa NK nguyên liệu, vật tư đến ngày đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa XK sản phẩm cuối cùng có sử dụng nguyên liệu, vật tư của tờ khai hải quan hàng hóa NK đề nghị hoàn thuế);
Trường hợp nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm, sau đó sử dụng sản phẩm này để gia công hàng hoá XK theo hợp đồng gia công với nước ngoài; Nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho tổ chức, cá nhân khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hoá XK thì sau khi tổ chức, cá nhân sản xuất, gia công hàng hoá XK đã XK sản phẩm ra nước ngoài; tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế NK tương ứng với phần tổ chức, cá nhân khác dùng sản xuất sản phẩm và đã thực XK, đồng thời đáp ứng điều kiện: tổ chức, cá nhân bán hàng, tổ chức, cá nhân mua hàng thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ; tổ chức, cá nhân đã đăng ký và được cấp mã số thuế; có hoá đơn bán hàng đối với việc mua bán hàng hoá giữa hai đơn vị.
Tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho các tổ chức, cá nhân khác để trực tiếp XK theo bộ linh kiện thì được xét hoàn thuế NK tương ứng với tỷ lệ sản phẩm (bộ linh kiện) XK, nếu đáp ứng điều kiện nêu tại khoản 6 Điều này và các điều kiện: Sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư NK của tổ chức, cá nhân là một trong những chi tiết, linh kiện của bộ linh kiện XK; Hoặc trường hợp mua sản phẩm để kết hợp với phần chi tiết, linh kiện do chính tổ chức, cá nhân sản xuất ra để cấu thành nên bộ linh kiện XK.
Tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho tổ chức, cá nhân khác để trực tiếp XK ra nước ngoài. Sau khi tổ chức, cá nhân mua sản phẩm của tổ chức, cá nhân sản xuất đã XK sản phẩm ra nước ngoài thì tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế NK tương ứng với số lượng sản phẩm thực XK nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện như nêu tại khoản 6 Điều này.
Tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng hoá cho tổ chức, cá nhân khác tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài thì được hoàn thuế NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa XK với điều kiện: Hàng hoá NK tại chỗ phải được tiếp tục sản xuất XK hoặc gia công theo hợp đồng gia công với nước ngoài (cơ quan hải quan tiếp tục theo dõi quản lý thuế đối với tổ chức, cá nhân NK tại chỗ); Loại hình tờ khai khi đăng ký NK tại chỗ là loại hình sản xuất XK hoặc gia công đối với trường hợp tổ chức, cá nhân NK tại chỗ tiếp tục sản xuất hoặc gia công hàng XK.
Trường hợp cơ quan Hải quan đã thu thuế NK khi tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư từ nước ngoài vào Việt Nam và thu tiếp thuế NK sản phẩm khi xuất NK tại chỗ đối với tổ chức, cá nhân NK tại chỗ thì tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa XK được xét hoàn lại thuế NK nguyên liệu, vật tư đã nộp sau khi tổ chức, cá nhân NK tại chỗ đã nộp thuế NK cho sản phẩm NK tại chỗ (trừ điều kiện quy định tại điểm b khoản này).
Cùng với đó là các trường hợp: Hàng hoá NK đã nộp thuế sau đó giao, bán cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam; hoặc bán cho các phương tiện của các hãng nước ngoài trên các tuyến đường quốc tế qua cảng Việt Nam và các phương tiện của Việt Nam trên các tuyến đường quốc tế theo quy định; Hàng hoá XK, NK do tổ chức, cá nhân ở nước ngoài gửi cho tổ chức, cá nhân ở Việt Nam thông qua dịch vụ bưu chính và dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế và ngược lại đã nộp thuế nhưng không giao được cho người nhận hàng hóa, phải tái xuất, tái nhập; Hàng hóa XK, NK đã nộp thuế nhưng sau đó được miễn thuế, hoàn thuế theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Tuy nhiên, Các trường hợp được hoàn thuế trên mà có số tiền thuế được hoàn dưới 100 nghìn đồng Việt Nam theo lần làm thủ tục hoàn thuế cho một hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan hải quan không tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế và không hoàn trả số tiền thuế đó.
Hồ sơ, thủ tục hoàn thuế:
Ban soạn thảo phân tích, Nghị định 87/2010/NĐ-CP chỉ quy định trường hợp miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế; còn hồ sơ, thủ tục miễn, giảm thuế, hoàn thuế được chi tiết tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Quy định tại Thông tư cần được rà soát, sửa đổi để phù hợp với yêu cầu cải cách thủ tục hành chính . Tuy nhiên, theo quy định của Điều 16 Luật thuế XK, thuế NK thì Chính phủ quy định chi tiết việc miễn thuế. Mặt khác, Điều 14 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật 2014 nghiêm cấm quy định thủ tục hành chính tại Thông tư. Do đó, nội dung này cần được chi tiết bằng Nghị định để bảo đảm cơ sở pháp lý.
Vì vậy, để nâng cao tính pháp lý, đảm bảo tính rõ ràng, minh bạch, tạo thuận lợi cho người khai hải quan, người nộp thuế. Hoàn thiện hệ thống pháp luật thuế đảm bảo thống nhất, đồng bộ, đơn giản hóa thủ tục hành chính. Kế thừa quy định hiện hành về miễn thuế, giảm thuế tại Thông tư của Bộ Tài chính ; dự thảo Nghị định đã quy định hồ sơ, thủ tục miễn thuế, giảm thuế. Bổ sung quy định về hồ sơ, trình tự, thủ tục, thẩm quyền hoàn trên cơ sở kế thừa quy định đang được thực hiện ổn định và không vướng mắc tại Thông tư 38/2015/TT-BTC; đồng thời rà soát để đảm bảo cải cách và đơn giản hóa thủ tục hành chính về các loại hồ sơ, tài liệu phải xuất trình khi làm thủ tục hoàn thuế.